L'administration doit apporter son assistance juridique à l'agent pour lui permettre d'organiser sa défense.
L'agent reste maître de sa stratégie de défense et de son dossier, il est libre de choisir son avocat.
La décision de l'administration de prise en charge indique les faits au titre desquels la protection fonctionnelle est accordée.
Elle précise les conditions d'organisation de la protection, notamment sa durée qui peut être celle de l'instance.
L'agent communique à son administration le nom de l'avocat, qu'il a choisi, et la convention d'honoraires qu'il a conclu avec lui.
L'administration peut aussi conclure une convention d'honoraires avec l'avocat et, éventuellement, avec l'agent.
La convention fixe le montant des honoraires pris en charge, notamment en fonction des difficultés de l'affaire. Elle définit les conditions dans lesquelles les autres frais de procédure sont pris en charge. Elle fixe les sommes accordées à l'agent en remboursement des frais qu'il aura engagés.
L'administration règle directement à l'avocat les frais prévus par la convention.
La convention peut prévoir que des frais sont pris en charge au fur et à mesure de leur engagement, à titre d'avances et sur justificatifs.
Le règlement définitif intervient à la clôture de l'instance sur présentation d'un compte détaillé par l'avocat.
En l'absence de convention entre l'avocat et l'administration, la prise en charge des frais est réglée directement à l'agent sur présentation des factures.
Si la convention entre l'avocat et l'administration l'a prévu ou en l'absence de convention, l'administration peut ne prendre en charge qu'une partie des honoraires lorsque le nombre d'heures facturées ou déjà réglées apparaît manifestement excessif.
Le caractère manifestement excessif s'apprécie au regard des prestations effectivement accomplies par l'avocat, des pièces et des justificatifs produits ou de la nature des difficultés présentées par le dossier.
Lorsque la prise en charge par l'administration ne couvre pas la totalité des honoraires de l'avocat, c'est à l'agent de payer la différence.
Pour chaque instance, l'agent peut demander, sur justificatifs, le remboursement de ses frais de déplacement ou d'hébergement.
L'administration n'est pas tenue de rembourser les frais engagés par l'agent pour des déplacements ou de l'hébergement dont le nombre ou la fréquence sont manifestement sans rapport avec les nécessités de sa défense.